Mme Elisa Frezza

Maître de conférences Université de ParisCiTCoM
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Informations biographiques

Recherche :

Mes activités de recherche portent sur les études théoriques et computationnelles de problèmes d’intérêt pour une large communauté, de la science des matériaux à la biologie. Ma recherche est donc interdisciplinaire, à l’interface entre physique, chimie, biologie et informatique et sur plusieurs échelles (de l’échelle moléculaire jusqu’à l’échelle méso et macro). Selon le problème et l’échelle de l’étude, je développe et/ou utilise différents modèles théoriques et méthodes computationnelles. Mes axes principales de recherche sont :

  • la modélisation des protéines et acides nucléiques et leurs interactions ;
  • le développement de modèles gros-grain ;
  • l’exploitation de l’analyse des modes normaux en coordonnées internes pour étudier des grands changements conformationnels dans les macromolécules ;
  • la modélisation de la propagation de la chiralité dans des systèmes auto-assemblants

Collaborations :

Enseignement :

Biophysique et modélisation moleculaire pour les sciences pharmaceutiques

Publications :

  1. Jourdi, G et al.(2021)Induced forms of α2-macroglobulin neutralize heparin and direct oral anticoagulant effects. Int J Biol Macromol 184 :209-217.
  2. Carzaniga, T et al.(2021)A Bit Stickier, a Bit Slower, a Lot Stiffer: Specific vs. Nonspecific Binding of Gal4 to DNA. Int J Mol Sci 22 (8):.
  3. Cirauqui Diaz, N, Frezza, E, Martin, J(2021)Using normal mode analysis on protein structural models. How far can we go on our predictions?. Proteins 89 (5):531-543.
  4. Glavier, M et al.(2020)Antibiotic export by MexB multidrug efflux transporter is allosterically controlled by a MexA-OprM chaperone-like complex. Nat Commun 11 (1):4948.
  5. Frezza, E, Amans, TM, Martin, J(2020)Allosteric Inhibition of Adenylyl Cyclase Type 5 by G-Protein: A Molecular Dynamics Study. Biomolecules 10 (9):.
  6. Meneghin, E et al.(2020)Biomimetic Nanoarchitectures for Light Harvesting: Self-Assembly of Pyropheophorbide-Peptide Conjugates. J Phys Chem Lett 11 (19):7972-7980.
  7. Frezza, E, Courban, A, Allouche, D, Sargueil, B, Pasquali, S(2019)The interplay between molecular flexibility and RNA chemical probing reactivities analyzed at the nucleotide level via an extensive molecular dynamics study. Methods 162-163 :108-127.
  8. Frezza, E, Lavery, R(2019)Internal Coordinate Normal Mode Analysis: A Strategy To Predict Protein Conformational Transitions. J Phys Chem B 123 (6):1294-1301.
  9. Frezza, E, Martin, J, Lavery, R(2018)A molecular dynamics study of adenylyl cyclase: The impact of ATP and G-protein binding. PLoS One 13 (4):e0196207.
  10. Biscaglia, F, Frezza, E, Zurlo, E, Gobbo, M(2016)Linker dependent chirality of solvent induced self-assembled structures of porphyrin-α-helical peptide conjugates. Org Biomol Chem 14 (40):9568-9577.
  11. De Gregorio, P, Frezza, E, Greco, C, Ferrarini, A(2016)Density functional theory of nematic elasticity: softening from the polar order. Soft Matter 12 (23):5188-98.
  12. Frezza, E, Lavery, R(2015)Internal Normal Mode Analysis (iNMA) Applied to Protein Conformational Flexibility. J Chem Theory Comput 11 (11):5503-12.
  13. Kolli, HB et al.(2014)Self-assembly of hard helices: a rich and unconventional polymorphism. Soft Matter 10 (41):8171-87.
  14. Frezza, E, Ferrarini, A, Kolli, HB, Giacometti, A, Cinacchi, G(2014)Left or right cholesterics? A matter of helix handedness and curliness. Phys Chem Chem Phys 16 (30):16225-32.
  15. Kolli, HB et al.(2014)Communication: from rods to helices: evidence of a screw-like nematic phase. J Chem Phys 140 (8):081101.
  16. Greco, C, Marini, A, Frezza, E, Ferrarini, A(2014)From the molecular structure to spectroscopic and material properties: computational investigation of a bent-core nematic liquid crystal. Chemphyschem 15 (7):1336-44.
  17. Frezza, E, Ferrarini, A, Kolli, HB, Giacometti, A, Cinacchi, G(2013)The isotropic-to-nematic phase transition in hard helices: theory and simulation. J Chem Phys 138 (16):164906.
  18. Frezza, E, Pieraccini, S, Mazzini, S, Ferrarini, A, Spada, GP(2012)The interplay of configuration and conformation in helical perylenequinones: Insights from chirality induction in liquid crystals and calculations. Beilstein J Org Chem 8 :155-63.
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